ブログをご覧頂き、ありがとうございます。
リフロー型のMOBIファイルサポートは 2021年8月1日で正式に終了しました。固定レイアウトの電子書籍は引き続き、EPUBファイルと MOBIファイルの両方を利用できますので、エクスポートされたmobiファイルをアップロードで問題ありません。リフロー型の場合、MOBIはNGですよ!という注意喚起のメッセージと解釈しています。

ちなみにタイプセッティングの改善は、リフロー型のKindle本にのみ適用されますので、固定レイアウト型の場合は、関係ありません。

このページの論理目次の項目で

エクスポートの完了
エクスポートが完了しました。「OK」をクリックします。

という記載がある場所の画像を読むとエクスポートした.mobiファイルは使うなということが書いてあると思います。

このエクスポートされた.mobiファイルをアップロードすればいいということですか？

使うなというのに実際にアップロードするならちょっと理解しずらいと思いました。

よろしくどうぞ！

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論理目次の必須の有無についてですが、Amazonによれば論理目次は、出版するすべてのKindle本で必須となっています。HLML目次は用意することを強く「推奨」となっていますが、論理目次は「必須」と記載されています。kindle本を出版するのでしたら論理目次が無ければ審査は通らない可能性が高いと思います。
作成するのは少し面倒かも知れませんが、読者は、目次を見て内容を把握したり、読みたい箇所を先に読んだりします。目次は本の中身と同じ位に重要視していますので、作成した方が良いと思います。